Atlanterhavskomiteens styre består av ni medlemmer, alle med personlige vararepresentanter. Styret velges for fire år. Leder og nestleder velges av årsmøtet. Styret leder komiteens virksomhet i samsvar med de retningslinjer årsmøtet trekker opp og ansetter generalsekretæren, som er ansvarlig for den daglige ledelsen av virksomheten.