Som de første av de tidligere Warszawa-paktlandene, ble Polen, Ungarn og Tsjekkia tatt opp som medlemmer av NATO i 1999.

NATO besluttet i 1999 å gå til luftkrig mot Serbia uten FN-mandat på grunn av landets overgrep mot den albanske befolkningen i Kosovo. En av bygningene som ble rammet var hovedkvarteret til den jugoslaviske hæren i Beograd.

Under markeringen av NATOs 50-års jubileum i 1999 vedtok alliansen et nytt strategisk konsept på et toppmøte i Washington. Konseptet tok til orde for å styrke Partnerskap for fred – programmet og å bygge ut samarbeidet med FN, OSSE og EU. Det ble også lagt vekt på modernisere allianseforsvaret til å mestre internasjonale operasjoner utenfor Europa. Samtidig sa NATO seg rede til å bekjempe internasjonal terrorisme, organisert kriminalitet og spredning av atomvåpen.

I 1999 vedtok FNs sikkerhetsråd å sende sivilt personell, politi og en militær styrke til øst-Timor for å opprette fred og sikkerhet etter krigen mot Indonesia. FN-styrken sto under australsk kommando.

I 1999 vedtok FNs sikkerhetsråd å opprette en overvåkingskommisjon som skulle kontrollere at Irak ikke skaffet seg masseødeleggelsesvåpen. Kommisjonen ble ledet av den svenske diplomaten Hans Blix.