Da Sovjetunionen trakk seg ut av Afghanistan i 1989, tok det bare noen år før det kommunistiske Najibullah regimet falt. Mujahedin-krigerne tok kontroll over Kabul og regjeringen, men interne kamper brøt raskt ut mellom ulike militære grupperinger og Afghanistan befant seg på nytt i borgerkrig.
Ahmad Shah Massoud var en av geriljalederne i kampen mot Sovjetunionen, her på en plakat på Hotel Intercontinental. Han ble drept av en selvmordsbomber den 10. september 2001.
Tidlig i 1990-årene, under de anarkiske tilstandene som fant sted i Afghanistan, oppstod det en bevegelse kalt Taliban. Mange talibanere var blitt utdannet i madrasaer (religiøse skoler) i Pakistan og hadde landbruksbakgrunn. Denne gruppen hadde som mål å fjerne krigsherrene som herjet landet under borgerkrigen. De frontet ro og orden, og en innføring av islam i landet. Taliban mottok stor støtte fra Pakistan. I 1994 oppnådde den nok styrke til å erobre Kandahar fra en lokal krigsherre, og fortsatte å utvide sin kontroll i Afghanistan. De okkuperte Herat i september 1995 og Kabul i september 1996. De erklærte landet som Afghanistans Islamske Emirat, og hadde på slutten av 1998 kontroll over rundt 90% av Afghanistan.