20. august 2009 gikk afghanerne til valgurnene for å stemme i sitt andre demokratiske presidentvalg. Til tross for at valget ble hyllet som en suksess innledningsvis, var det preget av en valgdeltakelse på under 35 prosent, lav sikkerhet og mange beskyldninger om valgfusk. Sittende President Hamid Karzai gikk med på en andre valgrunde mot sin hovedutfordrer Abdullah Abdullah. Afghanistan unnslapp med dette et potensielt kaos, men til gjengjeld ble et nytt landskap av usikkerhet skapt. Abdullah Abdullah trakk seg til slutt fra valget og Karzai ble erklært vinner.
Valget i Afghanistan har vært omstridt. Det ble blant annet meldt om stort avvik mellom antall fremmøtte velgere og oppgitte resultater. Dette gjaldt spesielt i områdene i sør og øst, hvor Karzai har fått mange stemmer. De endelige resultatene fra valget ble offentliggjort 21. oktober. Karzai endte opp med 2,283,907 av de 4,823,090 stemmene (49,67%), og hans konkurrent, Abdullah Abdullah, fikk til sammen 1,406,242 stemmer (30,59%). Det ble gjennomført omtelling av flere valgkretser og massivt valgfusk ble identifisert. Partene gikk med på en andre valgomgang. FN uttrykte et ønske om å ha en større rolle i det kommende valget som etter planen skulle finne sted 7.november, for å forhindre en ny omgang preget av fusk. NATO ville også bidra i større grad for å forbedre sikkerheten rundt valglokalene.
Flere fryktet at en ny valgomgang kunne føre til nye uregelmessigheter, samt store logistiske problemer grunnet vinterværet som var i anmarsj. Snø og kulde gjør ofte store deler av nord utilgjengelig. 2. november trakk Abdullah Abdullah seg fra valget og Hamid Karzai ble offisielt erklært vinner av det mye omstridte presidentvalget.
Den amerikanske diplomaten og nestkommanderende i Afghanistan, Peter Galbraith, ble 30. september sparket fra sin stilling etter å ha anklaget FNs Spesialutsending Kai Eide for å ha dekket over valgfusket, og for å ha opptred partisk overfor Hamid Karzai. Kai Eide ønsket å godta valget om 10 prosent av stemmene ble omtelt. Galbraith på sin side hevdet at Eide hadde kompromittert FN-kontoret ved å godkjenne valgfusk.
Av de 23 ministrene nominert av President Hamid Karzai for å utgjøre hans andre regjering, ble kun syv godkjent av det afghanske parlamentet i begynnelsen av 2010. De øvrige, inkludert tidligere krigsherre Ismail Khan og tre nominerte assosiert med krigsherren Rashid Dostum, ble avslått.
Parlamentsvalget i år skulle etter planen vært holdt 22. mai. På grunn av sikkerhetssituasjonen i Afghanistan og nødvendigheten for nye reformer, ble parlamentsvalget holdt 18. september. Reformer som, i følge FN bør foretas, er blant annet rettet mor valgoffiserer. Det er foreslått at valgoffiserer bør bli rettlig forfulgt på grunn av det omstridte valgfusket i 2009. Videre er det foreslått en endring av valgkommisjonenes og klagekommisjonens struktur, grunnet at det er disse to kommisjonene som står for ansvaret om et rettferdig valg.
Den uavhengige valgkommisjonen IEC (The Afghan Independent Electorial Commission), godkjente anslagsvis 2500 kandidater som kjempet for de 249 setene i Wolesi Jirga (underhuset i parlamentet), hvorav 400 var kvinner.
Afghanistans spesialutsending, Staffan de Mistura, har uttalt at det er for tidlig å kalle valget i Afghanistan en suksess.
"Det er nå opp til afghanske valg etater, IEC og faglige utvalg, å fullføre jobben. IEC må sjekke alle stemmesedlene og valgmateriale, og gjøre dette grundig i henhold til prosedyrene, før vi kan vite hva det endelige oppmøtet av velgerne og godkjente stemmer var. Det faglig utvalg må høre hver enkelt klage om uregelmessigheter".
Hundretusener stemmer i Afghanistan ugyldige, hevder FNs granskningskommisjon
Les mer om valget i Washington Post
Klikk her for å lese om hvordan det er å være velger i Afghanistan
AIHRC-UNAMA Valgrapport
OPPGAVE: Afghanistan i dag